Le traitement par phytoépuration des eaux usées ou simplement des piscines écologiques devient de plus en plus répandu (voir page eau). Ce type de traitement nécessite des plantes macrophytes originaires des zones humides naturelles : des plantes vasculaires (plantes supérieures) et non-vasculaires (algues), végétation émergente (non-ligneux, plantes qui poussent avec leurs racines dans le substrat et leurs tiges et les feuilles qui sortent de l'eau de surface). La photosynthèse produite par les algues augmente la teneur en oxygène de l'eau qui affecte à leur tour les éléments nutritifs et les réactions. Les plantes vasculaires contribuent au traitement de l'eau par un certain nombre de moyens: elles stabilisent les substrats, tout en améliorant leur perméabilité et limite la vitesse des flux d'eau, ce qui permet à la matière en suspension, le carbone, les éléments nutritifs et les oligo-éléments d'intégrer les tissus végétaux. Elles aèrent le substrat en apportant de l'oxygène entre leur tige et les racines, celles-ci sont des points de fixation pour les micro-organismes et fournissent des nids pour le développement et l'alimentation des microorganismes. Elles produisent de l'humus au moment de leur décomposition.
Enfin elles améliorent aussi considérablement la valeur esthétique du site.
Les plantes qui sont les plus souvent utilisés dans les filtres sont des plantes persistantes émergentes, telles que les scirpes (Scirpus), laîches (Eleocharis), carex (Cyperus), joncs (Juncus), roseaux communs (Phragrnites), et massettes (Typha). Toutes les espèces des zones humides ne sont pas appropriées pour le traitement de l'eau. Les espèces doivent être choisies localement parmi les plantes des zones humides qui poussent dans le même climat et même contexte naturel.

Pour le lagunage, piscine écologique et filtre avec eaux en surface ayant une teneur élevée en matière organique, on utilise généralement les scirpes car ils sont tolérants de haut niveau des éléments nutritifs, ils se cultivent facilement mais ne sont pas envahissants. Les iris peuvent être plantés en bordure et fournir des couleurs. Les massettes, quenouilles ou les roseaux ont été utilisés fréquemment en raison de leur grande tolérance pour de nombreux types d'eaux usées, mais ils ont des inconvénients. Les massettes, les roseaux et les quenouilles sont envahissants, leurs tubercules sont un des aliments préférés des rats musqués et des vers.
Un mélange de diverses plantes renforce le fonctionnement des filtres, de plus une végétation diversifiée est esthétiquement agréable et est plus susceptibles de résister à des espèces envahissantes, aux perturbations, et aux nuisances.

Concernant les filtres à flux enterré ou flux souterrain, on utilise des scirpes, des roseaux, des quenouilles, ou une combinaison des trois. Le roseau et le phragmite commun sont largement utilisés, bien que très envahissants. Certains systèmes ont été plantés avec une diversité de végétation semblable à celle d'un marais naturel.

Cette végétation peut provenir de semences, de plants, de plantes entières ou de parties de plantes (greffes, les rhizomes, les tubercules, ou de boutures).
La semence de graines est la solution la plus économique, mais aussi la plus incertaine et imprévisible. L'eau peut empêcher leur germination ou leur croissance, de plus les graines peuvent être emportée par les précipitations…
Les terres extraites des marais proches du site regorgent de graine, de rhizome, de pousse, de racines de plantes indigènes bien adaptées aux conditions locales et prêtes à envahir une nouvelle zone humide. Extraire des terres ou des plantes des marais est parfois interdit, dans le cas contraire, un échantillon de 8 à 10 cm de diamètre emprunté dans une zone proche peut être greffé sur le filtre.
Une fois en place, le sol doit être gardé humide, mais pas inondées, jusqu'à ce que les graines germent.
La végétation peut aussi provenir de pépinières commerciales proche du site. De préférence dans un rayon de moins de 150km

La période de plantation commence en général après l'automne et se termine après le premier tiers de l'été. L'automne est recommandé pour les tubercules et de racines et donne de très bons résultats pour les scirpes, et les joncs. Carex et quenouilles préfèrent attendre le printemps.
La plantation se fait généralement à la main sur un sol décompacté, souple et humide. Auparavant il aura été superficiellement inondé afin de régler la hauteur du sol et le niveau du lit.
Les propagules dormantes, comme les tubercules et les rhizomes, doivent être plantés dans le substrat à une profondeur suffisante (à 2 - 5 cm de profondeur) pour les empêcher de flotter. Les tiges doivent être laissés sur les tubercules de sorte que les plantes peuvent obtenir l'oxygène à travers la tige lorsque la zone humide est inondée.
Les plants sont généralement espacés de 0,3 - 1 m d'intervalle. Le niveau d'eau peut suivre la croissance des plantes, mais jamais les submerger pendant de longues périodes.
Souvent, l'excès d'eau provoque plus de problèmes au cours de la première saison de croissance que l'insuffisance, car l'eau limite l'oxygénation des racines. Malgré une tolérance relativement large du niveau d'eau, de plantes d'eau douce se sélectionnent souvent en fonction des petites variations de profondeur de l'eau, ce qui produit le zoning apparent de la végétation sur les rives du marais. La plupart des espèces des zones humides sont adaptés aux fluctuations saisonnières des niveaux d'eau, mais la plupart des plantes peuvent tolérer ni de longues périodes d'inondation ni la déshydratation de leurs racines. Par ailleurs, une protection (comme du grillage) peut être nécessaires pour empêcher les animaux d'endommager les jeunes pousses, par les merles, les rats musqués et autres animaux des campagnes.

Espèces recommandées :

> Arum de virginie (Peltandra virginica)
Niveau d'eau : 30cm
Exposition en plein soleil ou à l'ombre partielle. Haute valeur naturelle.
Feuillage et greffes ne sont pas consommés par les oies ou des rats musqués.
Croissance faible. pH: 5.0-6.5.

> Saule blanc (Salix Alba)
traite les pollutions aux métaux lourd, l'azote, le phosphore et les germes pathogènes

> Jacinthe d'eau (Eichhornia crassipes)
nettoie les excès de phosphore et de nitrate, les métaux lourd et les polluant organiques.

> Peuplier blanc (Poplus alba)
S'adapte aux eaux et aux sols pollués en particulier au pétrole et au chlore

> Bambou ( Phyllostachys)
absorbe les polluant durant sa croissance

>Sagittaire (Saggitaria latifolia)
Niveau d'eau : 30cm
Grand colonisateur. Colverts et rats musqués peuvent consommer leurs tubercules. Forte évapotranspiration

>Scirpe piquant (Scirpus pungens)
Niveau d'eau : 15cm
Colonisateur rapide. Peut tolérer des périodes de sécheresse.
Efficace pour la purge de métal. Abrite sauvagine et oiseaux chanteurs.

>Scirpe valide (Scirpus validus)
Niveau d'eau : 30cm
Grand colonisateur. Exposition plein soleil. Capacité de purge de forte teneur en polluant. Fournit nourriture et abri pour de nombreuses espèces d'oiseaux. pH: 6.5-8.5.

>Glaïeul bleu (Iris versicolor)
Niveau d'eau : 5 à 15cm
Fleurs ornementales. Peut tolérer partiellement à l'ombre mais exige le plein soleil en floraison. Préfère les sols acides et est tolérant de haut niveau des éléments nutritifs. Elle est aussi utilisée en homéopathie

> Iris Jaune (Iris pseudacorus) traite les métaux lourd

> Papyrus (cyperus payrus)
Traite les eaux usées

> Palétuvier (Rhizophora mucronata)
Purge les polluants de côtes maritimes ( en particulier dans les mangroves) avant qu'ils n'arrivent à la mer.

> Massette ou quenouilles (Typha latifolia)
Niveau d'eau : 30à 45cm
Grand colonisateur. Tubercules mangés par des rats musqués et les castors. Fort traitement de polluant, riche en sel et en hydrocarbure. pH: 3.0-8.5.

> Massette à feuilles étroites (Typha angustifolio)
Niveau d'eau : 30cm
Grand colonisateur. Tubercules mangés par des rats musqués et les castors.
Tolère l'eau saumâtre. pH: 3.7-8.5.

> Baldingère faux-roseau (Phalaris arundinocea)
Niveau d'eau : 15cm
Pousse sur des zones exposées et dans les eaux profondes. Bon couvre-sol pour talus.

> Saurure penchée ou Queue de Renard ou Queue de Lézard (Saururus cernuus)
Niveau d'eau : 15cm
Croissance rapide. Tolérant l'ombre. Faible valeur pour la faune sauf pour les canards des bois.

>Pontédérie à feuilles en cœur (Pontedaria cordata)
Niveau d'eau : 30cm
Exposition en plein soleil ou à l'ombre partielle. Valeur modérée pour la faune. Nectar pour les papillons. pH: 6.0-8.0.

> Roseau commun (Phragmites australis)
Niveau d'eau : 7 à 10cm
Plantes très envahissantes; à très faible valeur pour la faune. pH: 3.7-8.0.
Transforme tout type de boue pollué en terreau

> Jonc épars, Jonc spiralé (Juncus effusus)
Niveau d'eau : 7 à 10cm
Tolérant dans des condition humide ou seche. Alimente les oiseaux.
Pousse généralement en touffes.

> Souchet des marais (Eleocharis palustris)
Niveau d'eau : 7 à 10cm
Tolère partiellement l'ombre. Pousse en petites touffes et forme souvent de larges groupes.

> Carex ou laîches (Carex)
Niveau d'eau : 7 à 10cm
Plante des zones humides et mais aussi des plaines et des montagnes.
Haute valeur pour les sauvagines et les oiseaux chanteurs.
Elimine les germes pathogènes

> Le nénuphar jaune (Nuphar luteum )
Niveau d'eau : 1,5m avec un minimum de 60cm
Tolérant de la fluctuation des niveaux d'eau. Valeur modérée pour nourrir la faune, mais fort potentiel de couverture. Bonne tolérance des eaux acides (jusqu'à un pH 5,0).

> Nymphea et Villarsia nymphoides
Apporte des l'air dans l'eau

> Myriophylle (Myriophylum aquaticum)
Oxygène de l'eau

> Acore Calame (Acorus calamus)
Niveau d'eau : 7 à 10cm
Produit des fleurs séparées. Ce n'est pas un colonisateur rapide.
Bonne tolérance des eaux acides, il tolère aussi les périodes sèches et partiellement à l'ombre. Faible valeur pour la faune.

> Riz sauvage (Zizania aquatica)
Niveau d'eau : 30cm
Exige une exposition en plein soleil. Haute valeur naturelle (graines, parties de plantes, et greffes alimentent les oiseaux et les rats musqués.) Plante annuelle, non persistante, elle ne se reproduit pas naturellement.

De nombreuses autres espèces peuvent être plantées à la fois pour leur capacité d'épuration et leur qualité ornementale, comme l'ache inondée (Apium inudatum), le glycérie aquatique (Glyceria maxima et cv. Variegata), la pesse d'eau (Hippuris vulgaris'), la jussie (Jussiaea grandiflora), la menthe aquatique (Mentha aquatica et Mentha aquatica rubra), le trèfle d'eau (Menyanthes trifoliata), l'oenanthe (Oenanthe aquatica et fistulosa) , la renoncule (Ranunculus flammula, Ranunculus lingua), le rubannier rameux (Sparganium ramosum), l'épiaire des marais (Stachys palustris), le cornifle (Ceratophyllum, chara. elodea, tillea, potamogeton, stratiotes), la fougère aquatique (Azolla, hydrocharis, lemna, trapa), le jonc fleuri (Butomus umbellatus), la menthe des cerfs (Preslia cervina) et la véronique des ruisseaux (Veronica beccabunga)